"Tras su reelección, esperamos continuar nuestro trabajo con el presidente Abdelfatá Sisi para hacer progresar nuestra asociación estratégica y nuestros desafíos comunes, al tiempo que alentamos el respeto y la protección de los derechos y las libertades esenciales", dice el comunicado.
La vocera se refirió asimismo a denuncias de limitaciones a la libre expresión y asociación durante la campaña electoral.
"Seguiremos promoviendo la ampliación de oportunidades para la participación política de los egipcios, y enfatizamos la importancia de proteger los derechos humanos y el rol vital de la sociedad civil en Egipto", dijo Nauert.
En segundo lugar quedó Musa Mustafa Musa, líder del partido Al Ghad, con el 2,92% de los votos.
La concurrencia de electores a las urnas fue de 41%.
Los comicios se celebraron del 26 al 28 de marzo en Egipto, y entre el 16 y el 18 de marzo se organizó la votación en el extranjero.
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El general Sisi tomó el poder en 2013 mediante un golpe de Estado cuando ostentaba los cargos de comandante en jefe del Ejército y presidente del Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas; y en 2014 ganó unas elecciones presidenciales que él mismo convocó.
A principios de junio jurará su cargo ante la Cámara de Representantes.