"Este lanzamiento de un misil representa una amenaza para la seguridad de aviones y barcos, además de constituir una clara violación de las resoluciones del Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas", afirmó el ministro portavoz del Gabinete, Yoshihide Suga, en una rueda de prensa.
El funcionario añadió que "las constantes provocaciones de Corea del Norte son inaceptables".
"Presentamos una fuerte protesta ante Corea del Norte", dijo.
Por su parte, el primer ministro de Japón, Shinzo Abe, se declaró dispuesto a sacar el tema de los lanzamientos norcoreanos en la próxima cumbre del G7.
El Estado Mayor de Corea del Sur informó más temprano que el Norte disparó un proyectil no identificado desde la provincia de Pyongan del Sur.
Según la información preliminar, es un misil de alcance intermedio que fue lanzado a las 16.59 hora Seúl y Tokio (16.29 Pyongyang/07.59 GMT) y voló unos 500 kilómetros hasta caer en el mar del Japón (mar del Este) fuera de la zona económica exclusiva de Japón.
El anterior lanzamiento tuvo lugar en la madrugada del 14 de mayo, cuando Corea del Norte disparó un misil Hwasong-12 capaz de portar una ojiva nuclear hacia el mar del Japón (mar del Este).
En aquella ocasión, el proyectil alcanzó una altura sin precedentes, de más de 2.100 kilómetros, y voló casi 790 kilómetros.
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El Ministerio de Defensa de Corea del Sur estimó que el misil habría volado entre 4.500 y 5.000 kilómetros, si lo hubieran disparado desde un ángulo estándar.
En 2017 ya son ocho las pruebas de misiles efectuadas por Corea del Norte, incluyendo dos ensayos fallidos en abril.
El Consejo de Seguridad de la ONU aprobó desde 2006 seis resoluciones que conminan a Corea del Norte a abandonar el desarrollo de sus programas nuclear y de misiles; las dos últimas, aprobadas en 2016, endurecen en grado considerable las restricciones internacionales contra Pyongyang en materia comercial y bancaria.
