"Es un claro desafío a las resoluciones del Consejo de Seguridad de la ONU, es necesario condenarlo en estrecha colaboración con la comunidad internacional", dijo Abe citado por la agencia Kyodo.
El misil fue lanzado sobre las 02.30 GMT desde aguas al sureste del puerto de Sinpo en la provincia norcoreana de Hamgyong del Sur.
Los expertos surcoreanos calificaron el lanzamiento de fallido ya que una vez disparado el misil no logró continuar el vuelo en su trayectoria normal.
Infografía: ¿Hasta dónde pueden llegar los misiles de Corea del Norte?
El anterior lanzamiento de un misil desde un submarino fue llevado a cabo por Pyongyang en abril; la agencia oficial KCNA comunicó que la prueba había sido un éxito, mientras que militares de Corea del Sur, Japón y Estados Unidos afirmaron que terminó en un fracaso, ya que el misil cayó tras volar solo 30 kilómetros.
El primer misil se estalló en el aire, mientas que el segundo se hundió en las aguas a 400 kilómetros del lugar del ensayo en lo que supone lo más parecido a un éxito después de los fracasos anteriores.
Por su parte, Corea del Sur anunció fracasados los dos lanzamientos.