El cineasta declaró que fue muy difícil para él hacer el "coming out", pero que recibió el apoyo de su familia, e incluso de su hermana mayor Lana, que antes de cambiar de género en 2003, se llamaba Larry.
"Supe que tarde o temprano tendría que hacer un discurso público. Es muy difícil de esconder. No es fácil ser transexual. Tendré que enfrentar una dura realidad y aguantar toda mi vida la hostilidad y agresión abierta por parte de la gente", dijo Wachowski.
El director añadió que hará todo lo posible para mantenerse firme y optimista y demostrar como un ejemplo su resolución a los demás.
Los Wachowski llegaron a la fama por obras cinematográficas como Matrix, V de Vendetta, El atlas de las nubes y otras cintas.
Lilly ha estado casada con Alisa Blasingame desde 1991, mientras que Lana estuvo casada con Thea Bloom desde 1993. La pareja se divorció en 2002.