La televisión pública australiana ABC cita a "múltiples fuentes oficiales" que habrían confirmado el ataque recibido en los últimos días en la oficina, que cuenta con una de las redes de ordenadores más potentes del país.
La embajada china en Canberra no se ha manifestado aún sobre las acusaciones vertidas en el medio público.
La Oficina de Meteorología proporciona información para la navegación aérea y marítima comercial, analiza los recursos acuíferos nacionales y datos climáticos, pero además en los últimos años ha ido incrementando su relevancia.
El director ejecutivo, Robert Vertessy, indicó en marzo que había evolucionado desde una simple oficina climatológica a "una agencia medioambiental y de inteligencia más amplia".
La oficina tiene vínculos con el Departamento de Defensa, al que los 'hackers' podrían haber tenido acceso.
Su naturaleza clave para la seguridad del país impide que pueda ser apagada para ser reparada, por lo que los costes y el tiempo necesarios se dispararán.
La oficina no ha desmentido ni confirmado el ataque y se ha limitado a asegurar que sigue funcionando.
Varios Gobiernos han acusado a China en los últimos años de dirigir ataques informáticos contra sus redes, una acusación que Pekín siempre ha rechazado.
La ciberseguridad es uno de los principales temas de discusión entre China y EEUU.