Para las 22:00 (16:00 GMT), los médicos constataron la muerte de 49 personas, mientras el número de desaparecidos se mantiene en 11.
Por su parte, el primer ministro, Shinzo Abe, instó a tomar medidas urgentes para salvar a las personas en la zona del desastre natural.
"Les insto a seguir de cerca la información de las administraciones locales y tomar de inmediato medidas para salvar a las personas", dijo Abe citado por la agencia Kyodo, en la sesión del centro de respuesta a emergencia.
Las autoridades japonesas están evacuando a la población de las áreas afectadas por las inundaciones y están llevando a cabo operaciones de rescate.
Según medios, un total de 47.500 personas fueron evacuadas en la ciudad de Kumamoto y una serie de localidades en las prefecturas de Fukuoka y Kagoshima.
Otras 290.000 personas en las prefecturas de Hiroshima, Nagasaki y Aichi recibieron recomendaciones para abandonar temporalmente sus hogares por la amenaza de inundaciones y deslizamientos de tierra.
De acuerdo con la compañía Kyushu Electric Power, el 6 de julio unas 4.600 y 4.900 viviendas quedaron sin electricidad en la prefectura de Kumamoto y Kagoshima, respectivamente.
En algunas regiones del suroeste del país cayeron hasta 800 milímetros de lluvia. Cientos de miles de personas recibieron recomendaciones para abandonar temporalmente sus hogares por la amenaza de inundaciones y deslizamientos de tierra.
Unos 10.000 militares de las Fuerzas de Autodefensa de Japón se desplegaron en la zona para ayudar en las labores de rescate a la Policía y a los bomberos.