Poco antes el Tribunal Supremo de Islamabad rechazó la petición de ambos de prorrogar la fianza provisional que les permitía permanecer en libertad.
El arresto fue llevado a cabo por oficiales de la Oficina Nacional de Auditoría, que actúa como un organismo anticorrupción en Pakistán.
En la operación también participaron fuerzas policiales que bloquearon la casa del político en Islamabad.
Se destacó que Zardari tiene la oportunidad de impugnar la orden de detención en el Tribunal Supremo.
El expresidente desempeñó el cargo supremo de Pakistán desde 2008 hasta 2013 y estuvo casado con Benazir Bhutto, quien fue en dos ocasiones primera ministra del país y murió en 2007 a causa de un atentado suicida.