Los incidentes coinciden con la jornada en la que Israel celebra la "unificación" de Jerusalén, durante las que las autoridades han dado permiso a los judíos para irrumpir en la Explanada.
Los musulmanes respondieron lanzando piedras, sillas y todo tipo de objetos contra la policía.
Las fuerzas de seguridad israelíes rodearon la mezquita Al Aqsa y dispararon bombas de humo y balas de caucho contra los palestinos.
También practicaron un número indeterminado de detenciones.
Cientos de judíos irrumpieron en la mezquita Al Aqsa en medio de una fuerte protección de las fuerzas de seguridad israelíes.
Además: Cada 66 segundos se incita contra los árabes en las redes sociales israelíes
Habitualmente, las autoridades israelíes prohíben a los judíos entrar en la Explanada de las Mezquitas durante los últimos días del mes de ramadán, pero este año les han permitido entrar.