La colisión ocurrió alrededor de las 12:15 del sábado (3:15 GMT) cuando el barco de alta velocidad Ginga se dirigía hacia la isla de Sado con 121 pasajeros y cuatro tripulantes a bordo, señaló el canal.
Según la Guardia Costera, 87 de los pasajeros resultaron heridos y cinco de ellos están graves.
El choque con una supuesta ballena causó una grieta de 15 centímetros en la popa del barco, agregó un portavoz del ente.
Los hidroalas como Ginga, con capacidad para 250 pasajeros, circulan entre la ciudad de Niigata y la isla de Sado a una velocidad de hasta 80 km/h.