Según la radio Puerto Noticias, el accidente se produjo aproximadamente a las 10.30 hora local (15.30 GMT) en medio del desierto de la provincia costera de Ilo, región de Moquegua (sur).
Los fallecidos fueron identificados como el coronel Luis Ulloza Chávez, director de la Escuela de Aviación, y el oficial Michael Quispe Ruda.
Al parecer, la nave realizaba un vuelo de instrucción cuando se precipitó a tierra y se incendió.
"Aún no se han confirmado las causas. Ahora se conforma una comisión de investigación que determinará exactamente las circunstancias bajo las cuales se produjo este lamentable accidente", dijo el ministro de Defensa, José Huerta, citado por medios locales.
El fiscal de turno acudió al lugar del accidente en las primeras horas del mediodía del martes para proceder con el traslado de los restos de los militares.