La aeronave, embarcada en el portaviones USS Ronald Reagan, cayó en el mar hacia las 11.45 (2.45 GMT), a unos 250 kilómetros al sureste de la ciudad de Naha.
Según la información preliminar, el accidente fue resultado de un fallo de motor.
La 7 Flota de EEUU confirmó esta versión en un comunicado diciendo que "un F/A-18 del ala ambarcada experimentó un problema mecánico que llevó a la eyección de la tripulación mientras realizaba operaciones de rutina en el mar de Filipinas, el 12 de noviembre".
"Ambos aviadores están en buenas condiciones", dice la nota. Ya se encuentran a bordo del USS Ronald Reagan (CVN 76) donde serán sometidos a una evaluación por los médicos.
El portaviones, añade el comunicado, ha reanudado sus operaciones normales.
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El accidente es objeto de una investigación.