En el enfrentamiento, que tuvo lugar en Kargah, a unos 45 kilómetros de Gilgit, fueron abatidos dos atacantes.
La policía acordonó la zona e inició una operación de búsqueda.
No es el primer incidente terrorista que ocurre en Gilgit Baltistan en lo que va de este mes.
Al menos 12 colegios para niñas fueron atacados a principios de agosto en Chilas, a unos 130 kilómetros de Gilgit.
Los atacantes, no identificados hasta ahora, lanzaron bombas a dos locales, destrozaron mobiliario y quemaron objetos en el interior.
Al menos 16 sospechosos fueron arrestados a raíz de aquel ataque, según el gobierno provincial.