Manafort introdujo su declaración de inocencia al comparecer ante una corte federal en Alexandria, estado de Virginia (noreste), en respuesta a los delitos imputados por Mueller que incluyen evasión fiscal y fraude bancario.
El juez fijó la fecha del juicio para el 10 de julio.
Otro proceso contra Manafort comenzará en la corte del distrito de Washington el 27 de septiembre, en el que el exjefe de campaña está acusado de conspiración y lavado de dinero.
Mueller imputó a Manafort en el marco de la investigación que encabeza sobre la supuesta interferencia de Rusia en las elecciones de 2016 y en la presunta colusión de la campaña de Trump con Moscú.
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Rusia ha negado en reiteradas ocasiones tales denuncias.
El presidente Trump por su parte rechaza las acusaciones de que su equipo de campaña incurrió en algún tipo de acuerdo con el Kremlin para afectar los resultados de los comicios.