"Les puedo decir que nada de esta decisión tuvo que ver con la Casa Blanca", dijo la funcionaria a periodistas.
Medios estadounidenses informaron más temprano la renuncia de McCabe.
El funcionario tenía originalmente planeado retirarse en marzo, una vez que se le garantizara una pensión completa, informó el diario The Washington Post.
McCabe fue asistente del exdirector del FBI James Comey, quien realizó una investigación sobre los supuestos vínculos del presidente estadounidense Donald Trump con Rusia, cargos que han sido negados tanto por la Casa Blanca como por Moscú.
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